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En 1986 fue suplente del internacional uruguayo Lorenzo Carras con los "Verdes". Para el año siguiente fue titular con el ex seleccionador Nacional de Colombia, Francisco Maturana. Ahí empezó el equipo de los "puros criollos", que tantas glorias en este deporte le trajo al país.
Regresó otra vez al Nacional con el que se coronó campeón de Colombia en 1994. En 1995 alcanzó de nuevo la final de la Copa Libertadores de América que Atlético Nacional perdió con el Gremio de Portoalegre. En ese torneo se recuerda que en las semifinales contra River Plate en el partido en Medellín un tiro libre cobrado y convertido en gol por René que empató la serie que a la postre se definió mediante tiros de penal donde nuevamente Higuita atajó el penal decisivo. 
Luego tomó, otra vez, un avión con rumbo a México, más exactamente a Veracruz, pero su tierra lo llamó de nuevo y volvió para jugar con Independiente Medellín.
Tras una buena temporada con el DIM, pasó a jugar con Junior de Barranquilla, Deportivo Pereira y varios clubes de ascenso en el país, para terminar en el fútbol de Ecuador donde es tratado como un nacional más.
Pero sin lugar a dudas el nombre de José René Higuita se grabó en la memoria de todos en el año de 1995 cuando tuvo la osadía de irrespetar el templo del fútbol, el estadio de "Wembley" y suspender su cuerpo en el aire para golpear el balón con sus talones, ante la mirada atónita de miles de espectadores que maravillados por esa pincela de arte no tuvieron más que levantarse y aplaudir. Momento sublime en la vida del genio paisa de pelo largo. 
Entre las anécdotas del popular portero antioqueño se puede resaltar el hecho de que nunca soñó ser futbolista y menos estar en el arco. De muy chico se veía como psicólogo o médico, pero nunca detrás de un balón. 
A pesar de las contradicciones que envuelven su vida, José René Higuita pertenece a la historia viviente del fútbol de Colombia. Hombres como él dejaron una huella imborrable en los corazones de un pueblo que enaltece con facilidad, pero a su vez, olvida con rapidez. 
Su particular estilo de juego, de portero-jugador, según algunos derivado de Hugo Gatti, y su peculiar personalidad, lo convirtieron en un ídolo en su país durante los años ochenta y noventa. Además que fue elegido por la IFFHS como el 9 mejor portero del siglo XX. 
En noviembre de 2004 participó en el partido de despedida de su colega paraguayo José Luis Chilavert. También había estado presente en la despedida de Diego Armando Maradona, encuentro en donde se robó el show haciendo su famosa jugada de "el escorpión" y anotando un gol de pena máxima. También hizo “el escorpión” en una publicidad de la bebida Frutiño en la televisión Colombiana a finales de los 80s..
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